導致便秘的一個常見原因，是腸道在不同區域出現收縮與擴張的異常狀態，這是由於病原體在攝取它們偏好的食物後引發炎症所導致的。當許多人感到輕度便秘並按摩腹部時，能夠感覺到腸道內有團塊狀的堵塞物。當病情較為嚴重時，可能無法感覺到明顯的堵塞，因為堵塞物可能已填滿整個結腸。
病原體偏好的食物包括麸質（存在於小麥等部分穀物中）、蛋類、乳製品等，以及我們攝取的其他在到達腸道前未能被充分分解的食物。麸質、蛋類和乳製品有時被認為容易引發過敏，實際上是由於它們會助長致病的病原體，引發炎症及其他反應。正是這些病原體的活動及其產生的廢物與毒素，導致人們出現便秘等症狀。
當腸道發生炎症時，蠕動作用會減弱，便秘便會開始。有時這是暫時性的，有時則會發展為慢性問題，這取決於腸蠕動被削弱的程度，以及病原體在腸道內繁殖和引發炎症的程度。當過度疲勞的肝臟無法生成足夠強度和數量的膽汁，並因過多脂肪而不堪重負時，會導致病毒外殼、病毒分泌的果凍狀生物膜、神經毒素、皮膚毒素、其他病毒與細菌的廢物、有毒重金屬殘留物，以及陳舊腐敗的脂肪沉積物。這些有害物質會透過肝靜脈或膽汁進入腸道，從而引致結腸停滯和便秘。
腸道周圍的淋巴系統部分也可能變得負擔過重，導致淋巴液積聚，對腸道產生壓力，足以減慢蠕動作用，使腸道區域變得更狹窄，食物更難通過。僅這一點就可能造成輕微的腹脹，使腹部變得堅硬並向外擠壓。
病原體連同其有毒廢物以及重金屬，會與未被正確消化和分解的食物一起進入小腸的最後一段，即迴腸，導致迴腸發炎，造成便秘。實際上，這是腸道中最常見的發炎部位：疤痕組織也可能在此形成。
如果一個人曾切除闌尾，結腸右下方可能會形成疤痕或黏連，使得食物更難通過迴盲瓣，從而導致某種類型的便秘。
當結腸因任何原因發炎時，它可能會在不同的彎曲處出現輕微的扭結。在腹部左側的降結腸頂部，是一個非常常見的扭結點。同樣，在左側降結腸的底部也可能出現類似情況。當結腸有炎症時，升結腸頂部也可能發生扭結。雖然這些問題點會導致便秘、疼痛和不適，但它們並非真正的物理障礙或阻塞。
解決便秘的關鍵在於恢復肝臟活力，並去除導致腸道炎症的病原體和毒素。
