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越来越多的人都相信这样一个错误的理论：如果一个人生病了，这都与肠道有关。用发酵食物“恢复”肠道菌群可以修复大脑。
发酵食物并不是大脑健康的解决方案，原因有两个：
（1）对我们的大脑和肠道造成真正威胁的是病原体，以及病原体摄入各类威胁健康的食物（诸如蛋奶麸质等）或毒素后释放的毒素 ；
（2）发酵食物都不含有有益菌群。发酵食品中的微生物并不是我们肠道内自然存在的有益细菌和其他有益微生物诸如有益真菌。
发酵食物实际上含有有害微生物，当我们摄入发酵食物时，我们的胃酸应该要能尽快去除这些微生物。大多数人胃酸水平非常低，因此大多数这些有害微生物在胃中不会死亡，而是会穿过并暂时停留在肠道中，直至死亡。不管怎样，这些有害微生物在胃肠道中的寿命很短，随着这些有害微生物的死亡，它们会成为坏菌的食物。
就算假设发酵食物含有有益细菌，这也不是我们健康的答案，因为好菌不会与坏菌作战。想要让好菌来去除坏菌并不是微生物群的运作方式。好菌不会杀死坏菌。无论肠道中存在多少有益细菌，有害细菌都可以大量繁殖，除非一个人去除了喂养有害细菌的食物，并且了知什么能够真正杀死有害细菌。无论一个人服用多少益生菌，或理论上所谓含有有益微生物的发酵食物，有害细菌始终会存在。
由于病原体和毒素是对我们大脑的真正威胁，也是肠道的真正威胁，去除喂养这些有害细菌和病毒的食物才真正能帮助到我们的健康，而不是添加无数种推荐的有益细菌。
为什么有些人认为他们健康因为发酵食品而改善？因为很少有人只是简单地将发酵食物加入饮食。一般他们同时会做出许多其他习惯的改变，转变为更健康的生活方式，例如去除麸质、去除乳制品、饮用蔬果汁等。这给人造成一种错误的印象，认为他们吃的发酵食物带来了健康益处。
发酵食品对健康没有帮助的另一个原因是：我们的大脑需要电解质才能运作，而发酵食物在发酵过程中会失去电解质。微量矿物盐成分会在植物腐烂时失去活性并发生变化。植物中的任何其他营养物质，例如植物化学化合物，也会在发酵过程中失去活性并遭到破坏。发酵食物对大脑来说是无用的食物。
同时，许多大脑疾病是由有毒重金属引起的。发酵食物无法解决这个问题。许多大脑疾病是由病毒引起的。发酵食物无法解决这个问题。发酵食物既不能阻止大脑中有毒重金属的氧化，也不能去除大脑中的病毒神经毒素。发酵食物也无法清除肠道内的病毒或有毒重金属。虽然植物性发酵食物本身不会喂养病毒、坏菌和有害真菌，但它们也无法阻止或杀死这些病原体。 肠道中因这些发酵食物而死亡的一些微生物会喂养病毒、有害细菌和有害真菌，虽然不足以大幅增加病毒或细菌数量，但足以持续喂养它们，使其保持活力。
曾经含有抗病毒和抗菌化合物的活着的植物在发酵过程中会失去抗病毒和抗菌化合物，因为发酵是植物死亡的一种形式，它改变了活着的植物中原有的所有植物化学化合物的结构。同时，发酵乳制品或发酵肉和鱼中的脂肪使这些食物成为大量细菌最爱的完美环境。发酵肉中的脂肪甚至比烹饪非发酵肉所产生的脂肪更稠密，因为脂肪在酸败时会变硬。胆汁会更难分解发酵肉中这些硬化的脂肪，从而导致肠道内的坏菌繁衍。
