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木头砧板好过塑胶或玻璃砧板，因为木头砧板有天然抗微生物的能力，使用时请务必保持乾燥。塑胶砧板会容易有塑胶微粒的问题，同时细菌会更容易繁殖。玻璃砧板通常表面会有一层塑胶膜，以防玻璃碎片剥落，因此在使用过程中有可能会吃到表面的化学镀膜塑胶等，而当这层塑料表层脱落之后，就有可能会吃到许多玻璃碎片。
请避免金属沾板，因为金属刀具+金属砧板会导致更多的表面金属释出。
请保持木头砧板干燥与干净，以延长寿命。使用时可以垫一块毛巾在底部保持干燥，请使用砧板专属的清洁海绵（该海绵不要用于其他厨房用途），不要使用漂白水，清洁后用漂白水会破坏木头天然抗菌的能力。用水清洁切蔬果的砧板本身就能抑制微生物生长，让木头膨胀，可以启动木头中的天然抗微生物能力，帮助消除表面的微生物。切蔬果的木头砧板可以用水和海绵刷洗。
请避免给木头砧板上油，因为这会让细菌与霉菌更容易在夹层中滋生移动，而且油还会从表面往下渗入砧板，窝藏更多的细菌。如果切菜的时候切到手，而这个人本身带有EB病毒或单纯疱疹病毒等，总之不管是哪一种病毒，都会停留在砧板上，上油的砧板是病原体们最喜欢的环境。病原体能在这种环境中生存很长时间，甚至是持续地繁衍，这会导致使用砧板时污染食物。
请避免在同一块砧板上切肉食与蔬果。切肉的砧板会需要更多的加强清洁。如果要在同一个厨房处理肉或鱼这类生食，细菌很容易沾染到砧板上，生肉或者生鱼上的食源性病原体可能造成很多问题，严重症状包含发烧、感染、肠胃问题、感冒、病原体传播、甚至可以危及生命。
因此请确保切荤食的砧板和切蔬果的砧板分开使用，或至少标上记号，换面使用。切完肉食诸如生鱼生肉后，除了用清水和海绵清洗之外，请再加上一点稀释过后的3%双氧水，以去除鸡肉上的沙门氏菌和牛肉上的大肠杆菌，以及各种病原体等。
