导致便秘的一个常见原因是肠道在不同区域的收缩和扩张，这是病原体在摄入它们喜爱的食物时引起的炎症导致的。当许多人感到轻度便秘按摩腹部后，能够感觉到哪里有团块堵塞。当病情严重时，可能感觉不到堵塞，因为堵塞可能填满了整个结肠。
病原体喜欢的食物包括麸质（小麦等某些谷物中含有）、蛋、乳制品等，以及我们摄入的在到达肠道之前没有被充分分解的其他食物。麸质、蛋和乳制品有时被认为易引起过敏，实际上是因为它们会喂养致病的病原体，引发炎症和其他反应，正是这些病原体的活动和产生的垃圾和毒素让人出现便秘等症状。
当肠道发生炎症时，蠕动作用减弱，便秘就会开始。有时这是暂时的，有时则是慢性的，这取决于肠蠕动被削弱的程度以及病原体在肠道内繁殖和发炎的程度。当疲惫不堪的肝脏无法生成足够强度和数量的胆汁，被过多脂肪搞得不堪重负时，会导致病毒外壳、病毒分泌的果冻状生物膜、神经毒素、皮肤毒素、其他病毒和细菌垃圾、有毒重金属物流、以及陈旧腐臭的脂肪沉积，这些有害物质会通过肝静脉或胆汁进入肠道，这导致了结肠停滞和便秘。
肠道周围的那部分淋巴系统也会变得负担过重，导致淋巴液积聚，对肠道产生压力，足以减慢蠕动作用，造成肠道区域变得更狭窄，使食物更难通过。仅这一点就会造成轻微的腹胀，导致腹部变得坚硬并向外挤压。
病原体，连同其有毒垃圾以及重金属，会与未被正确消化和分解的食物一起进入小肠的最后一段即回肠，导致回肠发炎，造成便秘。实际上，这是肠道中最常见的发炎部位：瘢痕组织也会在这里形成。
如果一个人切除了阑尾，结肠右下方就会形成疤痕或粘连，使得食物更难通过回盲瓣，从而导致某种类型的便秘。
当结肠因任何原因发炎时，它会在不同的弯曲处轻微扭结。在腹部左侧的降结肠顶部，是一个非常常见的扭结点。同样在那左侧的降结肠的底部也是如此。当结肠有炎症时，升结肠顶部也会出现扭结。虽然这些出问题的地方会导致便秘、疼痛和不适，但它们并不是一种真正的障碍或阻塞。
解决便秘的关键在于恢复肝脏活力，去除导致肠道炎症的病原体和毒素。
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